Die klassische Anwendung der marinen Magnetik ist das dicht unter der Wasseroberfläche an einem Messkabel hinter dem Schiff geschleppte Magnetometer. Der Abstand zum Schiff muss mehrere hundert Meter betragen, um das magnetische Eigenfeld des Schiffs zu vermeiden. In der modernen Auslegung werden mehrere Magnetometersonden kombiniert, um auch den Gradienten des Erdmagnetfeldes und seine Komponenten in drei Raumrichtungen messen zu können (Vektormagnetometer).
Bei der BGR wird für Messungen des Erdmagnetfelds an der Wasseroberfläche in der Regel ein geschlepptes Gradientenmagnetometer auf der Basis eines verfeinerten Prinzips der Protonenmagnetometer (Overhauser-Magnetometer) eingesetzt, durch das die störenden zeitlichen Variationen des Erdmagnetfeldes unterdrückt werden können. Zusätzlich verfügt die BGR über geschleppte und auf dem Forschungsschiff installierte Magnetometersonden, mit denen die Vektorkomponenten des Magnetfeldes vermessen werden können.
Da nicht immer der Einsatz hinter dem Schiff geschleppter Magnetometer möglich ist, werden auch direkt auf dem Schiff, meist weit oben im Mast, Magnetometersonden installiert. Die Messungen werden zwar vom magnetischen Eigenfeld des Schiffs erheblich beeinflusst, es gibt aber Verfahren um diesen Einfluss separat zu bestimmen und später aus den Daten herauszurechnen.
Von beiden Magnetometertypen stehen bei der BGR auch Versionen für den Einsatz in großen Wassertiefen bereit. Diese können auf verschiedenen, in großer Wassertiefe dicht über dem Meeresboden eingesetzten Geräten montiert werden und dienen vor allem der kleinskaligen Untersuchung von Rohstofflagerstätten am Meeresboden.
Für den Einsatz in der Tiefsee in großen Wassertiefen werden die Magnetometer in druckfesten Röhren verbaut und modular an verschiedenen Geräten montiert, die dicht über dem Meeresboden operieren.
